Lors de l’engagement d’une démarche de conciliation, il peut être opportun de mettre en place un  protocole procédural.

Cela permet de fixer les conditions de déroulement de la conciliation et de rappeler aux parties leur engagement de participer de bon gré à cette procédure, car il s’agit alors d’une véritable procédure de conciliation.

Ainsi, peuvent être précisées les conditions de désignation et de mission du conciliateur. Ce dernier pourra alors donner au pied du protocole l'acceptation de sa mission.

Une clause pourra utilement préciser les obligations du conciliateur : « Le conciliateur s’engage à recueillir les prétentions des parties par écrit ; entendre leurs argumentaires développés lors des audiences de conciliation ; émettre un ou plusieurs avis motivés sur les argumentations développées par les parties ; rechercher une solution transactionnelle au sens des articles 2044 et suivants du Code civil ».

Le protocole peut aussi être le moyen de confirmer l’absence de cause de récusation, de préciser les conditions de remplacement du conciliateur et d’affirmer  une obligation de confidentialité : « Le conciliateur s’engage à respecter une obligation générale de confidentialité relativement aux informations recueillies à l’occasion du déroulement de la procédure. Cette obligation ne concerne cependant que les rapports entre le conciliateur et les tiers à la procédure. De convention expresse, ne sont pas considérés comme tiers à la procédure : les parties, leurs représentants, mandataires et délégataires ainsi que leurs conseils ».

De la même façon, les parties peuvent s’engager à révéler et à se désengager des instances en cours dont le déroulement pourrait interférer avec la procédure de conciliation : « Les parties au présent protocole déclarent se désengager de toutes les instances judiciaires civiles, commerciales ou prud'homales, ainsi que des instances administratives qui pourraient être en cours à la date de signature des présentes, tant en France qu’à l’étranger, dès lors qu’elles portent sur un ou plusieurs éléments du litige soumis au conciliateur. Les parties s’engagent par ailleurs à communiquer sans délai au conciliateur toutes informations relatives au déclenchement d’une procédure judiciaire ou administrative, tant en France qu’à l’étranger, concernant un ou plusieurs éléments litige, qu’il soit de leur fait ou de celui d’un tiers, qu’elles soient mises en cause ou non, à partir du moment où elles en ont connaissance ».

Mais c’est aussi, et surtout, un moyen de « fixer » les prétentions initiales, ce qui facilitera la preuve des renonciations réciproques, caractéristiques de la transaction, et de déterminer les prérogatives du conciliateur : « Le conciliateur réglera la procédure sans être tenu de suivre les règles établies pour les tribunaux d'Etat, nonobstant le respect du principe du contradictoire. Il se prononcera par voie d’avis motivé en droit, en tenant compte des principes généraux du droit des contrats. Il pourra, le cas échéant, invoquer l'équité dans sa tentative de rapprochement des points de vue des parties».

Enfin, on prendra le soin de préciser quelques modalités d’ordre procédural, telles que : l’élection de domicile, le siège de la conciliation, la durée de la mission du conciliateur, le calendrier procédural, le sort des honoraires, frais, dépens et débours de la procédure.

Extrait du Règlement (CE) n° 1400/2002 de la Commission du 31 juillet 2002 concernant l'application de l'article 81, paragraphe 3, du traité à des catégories d'accords verticaux et de pratiques concertées dans le secteur automobile (Journal officiel n° L 203 du 01/08/2002 p. 0030 – 0041) :

La Cour de cassation a toujours, et sans ambiguïté, consacré la validité des clauses de conciliation. En posant la règle selon laquelle la clause d'un contrat instituant une procédure de conciliation obligatoire et préalable à la saisine du juge est licite, les juges en tirent la conséquence qu’elle constitue une fin de non-recevoir qui s'impose au juge si les parties l'invoquent, au sens des articles 122 et 124 du NCPC. La jurisprudence de la Cour de cassation est constante sur ce point.

Dans une décision récente, la chambre mixte réaffirme en effet le principe selon lequel les fins de non-recevoir ne sont pas limitativement énumérées par les articles 122 et 124 du NCPC (Cour de cassation, Chambre mixte, 14 février 2003).

S’agissant d’un contentieux relatif à l’exécution d’un acte de cession d'actifs, lequel prévoyait le recours à une procédure de conciliation préalable à toute instance judiciaire pour les contestations relatives à l'exécution de la convention « la cour d'appel en a exactement déduit l'irrecevabilité du cédant à agir sur le fondement du contrat avant que la procédure de conciliation ait été mise en œuvre » .